Kabupaten Mukomuko merupakan kabupaten hasil pemekaran dari Kabupaten Bengkulu Utara. Pemekaran kabupaten ini dilakukan dalam rangka peningkatan efektifitas penyelenggaraan pemerintahan, pelaksanaan pembangunan, dan pelayanan kemasyarakatan.  Kabupaten Bengkulu Utara sebelum pemekaran mempunyai luas wilayah ± 9.585,24 km2 dan laju pertumbuhan penduduk yang cukup tinggi.  Dengan wilayah yang cukup luas dan laju pertumbuhan penduduk yang cukup tinggi maka efektivitas pelaksanaan pemerintahan, pembangunan dan pelayanan kepada masyarakat menjadi kurang optimal. Memperpendek rentang kendali pemerintahan melalui pembentukan daerah otonom baru merupakan alternatif solusinya. Dalam kaitan ini serta memperhatikan aspirasi masyarakat maka Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Bengkulu Utara menyetujui pemekaran wilayah kabupaten Bengkulu Utara.  Persetujuan tersebut dituangkan dalam Keputusan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Bengkulu Utara Nomor 16 Tahun 2001 tanggal 20 Agustus 2001 tentang Persetujuan/Pengesahan Pemekaran Wilayah Eks Kewedanaan Mukomuko menjadi Kabupaten Mukomuko.

Kabupaten Mukomuko dibentuk berdasarkan Undang-undang Nomor 3 Tahun 2003 tentang Pembentukan Kabupaten Mukomuko, Kabupaten Seluma dan Kabupaten Kaur di Provinsi Bengkulu, yang diresmikan pada tanggal 23 Mei 2003 dengan Ibu kota Kabupaten berkedudukan di Mukomuko. Seiring dengan perkembangan otonomi daerah, kecamatan di Kabupaten Mukomuko dari semula hanya 5 kecamatan, kini berkembang menjadi 15 kecamatan definitif, 152 desa dan 3 kelurahan.